ความคิดเห็นพันธุศาสตร์ (มีนาคม 2020)

MicroRNAs ในเครือข่าย Hox: ลิงก์ที่ชัดเจนไปยังความชุกของหลัง

MicroRNAs ในเครือข่าย Hox: ลิงก์ที่ชัดเจนไปยังความชุกของหลัง

บทคัดย่อ ปัจจัยการถอดความ Homeobox (Hox) มอบตำแหน่งแกนหน้า - หลัง (AP) ให้กับตัวอ่อนของสัตว์มีกระดูกสันหลัง ยีน Hox พบในกลุ่มที่มียีนสำหรับ microRNAs (miRNAs) การวิเคราะห์เป้าหมาย miRNA ที่คาดการณ์ไว้ของเราบ่งชี้ว่า mioxa แบบฝังคลัสเตอร์ Hox นั้นเป็นเป้าหมายพิเศษของ Hox mRNAs ยิ่งกว่านั้นยีนเป้าหมาย Hox ที่สันนิษฐานไว้นั้นตั้งอยู่ที่ส่วน 3 ′ของ Hox miRNA แต่ละตำแหน่ง ผลลัพธ์เหล่านี้ชี้ให้เห็นว่า Hox miRNAs ช่วยในการปราบปรามโปรแกรมล่วงหน้ามากขึ้นซึ่งจะช่วยเสริมความชุกของหลังซึ่งเป็นการปกครองแบบลำดับชั้นของหลังมากกว่าฟังก์ชั่นยีน Hox ล่วงหน้าที่สังเกตได้ใน bilaterians ด้วยวิธีนี้กฎระเบียบที่ใช้ตั

โดยสังเขป

โดยสังเขป

หน้าจอทางพันธุกรรม ไลบรารี RNAi ที่ถ่ายทอดพันธุกรรมจีโนมกว้างสำหรับการยับยั้งการทำงานของยีนแบบมีเงื่อนไขใน Drosophila Dietzl, G. et al . ธรรมชาติ 12 กรกฎาคม 2550 (ดอย: 10.1038 / ธรรมชาติ 05954) รายงานฉบับนี้รายงานการสร้างและการตรวจสอบความถูกต้องของห้องสมุดแปลงพันธุกรรมขนาดใหญ่สำหรับการคัดกรอง RNAi ใน Drosophila melanogaster

การผสมพันธุ์และ epigenetics: ประโยชน์เช่นเดียวกับผลกระทบที่เป็นอันตราย

การผสมพันธุ์และ epigenetics: ประโยชน์เช่นเดียวกับผลกระทบที่เป็นอันตราย

อาสาสมัคร epigenetics การผสมสัตว์จากสายโลหิดเดียว บทความทางจดหมายโดย Christian Biémont (Biémont, C. ผลกระทบการแพร่กระจายในยุค epigenetic Nature Rev. Genet 11 , 234 (2010) 1 และบทความ (Charlesworth, D. & Willis, JH พันธุศาสตร์ของการสืบพันธุ์ inbreeding Nature Rev Genet. 10 , 783–796 (2009) 2, 3 เขากล่าว

เส้นทางสำหรับการละเมิดและการปกป้องความเป็นส่วนตัวทางพันธุกรรม

เส้นทางสำหรับการละเมิดและการปกป้องความเป็นส่วนตัวทางพันธุกรรม

อาสาสมัคร การเผยแพร่ข้อมูลและการเก็บถาวร การหาลำดับดีเอ็นเอ จริยธรรม ฐานข้อมูลทางพันธุกรรม บทความต้นฉบับได้รับการตีพิมพ์เมื่อ 08 พฤษภาคม 2014 รีวิวธรรมชาติพันธุศาสตร์ 15 , 409–421 (2014) ในบทความข้างต้นการอ้างอิงที่ไม่ถูกต้องได้รับการอ้างอิง 107 การอ้างอิงควรเป็น: Ayday, E., Raisaro, JL, McLaren, PJ, Fellay, J. & Hubaux, J.-P การคำนวณการรักษาความเป็นส่วนตัวของความเสี่ยงโรคโดยใช้ข้อมูลจีโนมคลินิกและสิ่งแวดล้อม พร Inf Security Health USENIX สุขภาพ วิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี //citeseerx.ist.psu.edu/viewdoc/summary?doi=10.1.1.309.1513 (2013) สิ่งนี้ได้รับการแก้ไขออนไลน์แล้ว ผู้แก้ไขขออภัยสำหรับข้อ

การถ่ายทอดทางพันธุกรรมกับสถาปัตยกรรมทางพันธุกรรม

การถ่ายทอดทางพันธุกรรมกับสถาปัตยกรรมทางพันธุกรรม

อาสาสมัคร พันธุศาสตร์โรค ระบาดวิทยา ความแปรปรวนทางพันธุกรรม การศึกษาความสัมพันธ์ของจีโนมกว้าง ลักษณะเชิงปริมาณที่สืบทอดได้ จีโนมทางการแพทย์ การหาลำดับยุคต่อไป เราอ่านจดหมายโต้ตอบโดยอีแวนส์และเคลเลอร์ด้วยความสนใจ (โดยใช้วิธีการถ่ายทอดทางพันธุกรรมที่แบ่งพาร์ติชันเพื่อสำรวจสถาปัตยกรรมทางพันธุกรรม Nat. Rev. Genet. //doi.org/10.1038/nrg.2018.6) 1 ในบทวิจารณ์ล่าสุดของเรา (สถาปัตยกรรมทางพันธุกรรม: รูปร่างของ การมีส่วนร่วมทางพันธุกรรมต่อลักษณะและโรคของมนุษย์ Nat. Rev. Genet. 19 , 110–124 (2018)) 2 . การประมาณค่าการถ่ายทอดทางพันธุกรรมและการแบ่งเป็นวิธีการรวมที่น่าสนใจสำหรับการวิเคราะห์ของการมีส่วนร่วมทา

ความแปรปรวนของอัตราการกลายพันธุ์ในยูคาริโอต: ความหมายเชิงวิวัฒนาการของกลไกเฉพาะพื้นที่

ความแปรปรวนของอัตราการกลายพันธุ์ในยูคาริโอต: ความหมายเชิงวิวัฒนาการของกลไกเฉพาะพื้นที่

Baer et al . ทบทวน“ การเปลี่ยนแปลงอัตราการกลายพันธุ์ในยูคาริโอตหลายเซลล์: สาเหตุและผลที่ตามมา” 1 บ่งบอกถึงอายุของวรรณกรรมส่วนใหญ่เกี่ยวกับวิวัฒนาการอัตราการกลายพันธุ์อย่างแม่นยำ แม้ในขณะที่ตระหนักว่าอัตราการกลายพันธุ์สามารถเปลี่ยนแปลงได้อย่างมากจากไซต์หนึ่งไปยังอีกไซต์หนึ่งภายในจีโนมวรรณกรรมส่วนใหญ่จะละเว้นหรือย่อคุณลักษณะพิเศษและผลที่ตามมาของกลไกการกลายพันธุ์เฉพาะไซต์ ดังนั้นในรายการผู้เขียนของ“ ห้าคำถามที่สำคัญ” สำหรับการตรวจสอบในอนาคตเราต้องการเสนอที่หก: อัตราการกลายพันธุ์เฉพาะไซต์ที่มีระดับสูงขึ้นสามารถเปลี่ยนแปลง (และวิวัฒนาการ) โดยอิสระจากอัตราการทดแทนนิวคลีโอไทด์ที่ต่ำ ตามแบบอย่างทางประว

การประเมินและการจัดการความเสี่ยงเมื่อแบ่งปันข้อมูลตัวแปรทางพันธุกรรมโดยรวม

การประเมินและการจัดการความเสี่ยงเมื่อแบ่งปันข้อมูลตัวแปรทางพันธุกรรมโดยรวม

อาสาสมัคร ฐานข้อมูลทางพันธุกรรม ความแปรปรวนทางพันธุกรรม การศึกษาความสัมพันธ์ของจีโนมกว้าง บทความต้นฉบับได้รับการตีพิมพ์เมื่อวันที่ 16 กันยายน 2011 รีวิวธรรมชาติพันธุศาสตร์ 12 , 730–736 (2011) ในบทความข้างต้นลิงค์ที่ไม่ถูกต้องถูกจัดเตรียมไว้สำหรับ GWAS Central ลิงก์ที่ถูกต้องควรเป็น //www.gwascentral.org ในช่องข้อมูลเพิ่มเติมลิงค์ไปยัง //gwas.nih.gov ได้รับการอธิบายอย่างไม่ถูกต้องว่าเป็น 'GWAS Central (รวมถึงนโยบาย)' ลิงค์นี้ควรอธิบายว่า 'นโยบายของ NIH GWAS' บทความที่ถูกแก้ไขมีอยู่ที่: //www.nature.com/nrg/journal/v12/n10/abs/nrg3067.html ผู้แก้ไขขออภัยสำหรับข้อผิดพลาดนี้ ผู้เขีย

Cloud computing สำหรับการวิเคราะห์ข้อมูลจีโนมและการทำงานร่วมกัน

Cloud computing สำหรับการวิเคราะห์ข้อมูลจีโนมและการทำงานร่วมกัน

อาสาสมัคร ชีววิทยาการคำนวณและชีวสารสนเทศศาสตร์ ฐานข้อมูลทางพันธุกรรม ฟังก์ชั่น การหาลำดับยุคต่อไป ข้อมูลการวิจัย บทความต้นฉบับได้รับการตีพิมพ์เมื่อวันที่ 30 มกราคม 2018 รีวิวธรรมชาติพันธุศาสตร์ ดอย: 10.1038 / nrg.2017.113 (2018) เดิมบทความดังกล่าวกล่าวว่า“ FireCloud และ CGC พึ่งพา AWS และแพลตฟอร์ม Google Cloud สำหรับการคำนวณและการจัดเก็บข้อมูล นอกจากค่าใช้จ่ายสำหรับบริการเชิงพาณิชย์เหล่านี้แล้วผู้ใช้ยังต้องชำระเงินเพิ่มตามความสะดวกสบาย” ประโยคที่สองไม่ถูกต้องตามที่ผู้เขียนชี้ให้เห็นและตรวจสอบอย่างเป็นอิสระและถูกลบออกไป นอกจากนี้ยังมีการอ้างอิงที่ไม่ถูกต้อ

LCN DNA: พิสูจน์ได้โดยปราศจากข้อสงสัยอย่างสมเหตุสมผล? - การตอบกลับ

LCN DNA: พิสูจน์ได้โดยปราศจากข้อสงสัยอย่างสมเหตุสมผล? - การตอบกลับ

ในบทความโดย McCartney (LCN DNA: การพิสูจน์โดยปราศจากข้อสงสัยอย่างสมเหตุสมผล? Nature Rev. Genet. 9 , 325 (2008)) 1 เป็นที่ถกเถียงกันอยู่ว่าการทดลองของ Omagh ได้เปิดเผยข้อบกพร่องร้ายแรงในหลักฐานดีเอ็นเอ อย่างไรก็ตามหลักฐานส่วนใหญ่ไม่ได้รับการรายงานโดยสื่อและไม่ได้มีส่วนร่วมในการตัดสินเอง บทบาทของนักวิทยาศาสตร์คือให้คำแนะนำแก่ศาลเกี่ยวกับความหมายของหลักฐานอย่างไม่ลดละ ดังนั้นความล้มเหลวในการคุมขังไม่ได้แปลเป็นความล้มเหลวของวิทยาศาสตร์ การโต้ตอบนี้เป็นความพยายามที่จะวางคำตัดสินลงในบริบท ตัวอย่างทางนิติวิทยาศาสตร์มักจะน้อยกว่าที่เก่าแก่ - พวกมันอาจจะเสื่อมโทรมหรือ DNA อาจมีอยู่ในรูปแบบ DNA ที่มีเท็ม

การปรับปรุงนิติวิทยาศาสตร์ของมนุษย์ผ่านความก้าวหน้าทางพันธุศาสตร์จีโนมและชีววิทยาโมเลกุล

การปรับปรุงนิติวิทยาศาสตร์ของมนุษย์ผ่านความก้าวหน้าทางพันธุศาสตร์จีโนมและชีววิทยาโมเลกุล

อาสาสมัคร ชีวสารสนเทศศาสตร์ จีโนมมะเร็ง จริยธรรม เทคนิคทางพันธุกรรม ฟังก์ชั่น อณูชีววิทยา สังคมศาสตร์ เทคโนโลยี บทความต้นฉบับได้รับการตีพิมพ์เมื่อวันที่ 18 กุมภาพันธ์ 2011 รีวิวธรรมชาติพันธุศาสตร์ 12 , 179–192 (2011) ในรูปที่ 3 ของบทความนี้กล่องสีแดงล้อมรอบดวงตาที่สองที่สามและสี่ในคอลัมน์ที่สามอยู่ในตำแหน่งที่ไม่ถูกต้อง กล่องควรล้อมรอบดวงตาที่สาม, สี่และห้าในคอลัมน์ที่สาม บทความได้รับการแก้ไขออนไลน์แล้ว ผู้เขียนและบรรณาธิการขออภัยสำหรับข้อผิดพลาด ผู้เขียน ค้นหา Manfred Kayser ใน: วารสารวิจัยธรรมชาติ• PubMed • Google Scholar ค้นหา Peter de Knijff ใน: วารสารวิจัยธรรมชาติ• PubMed • Google Scholar

การทดสอบเชิงประจักษ์สำหรับ epistasis แบบผสมผสาน

การทดสอบเชิงประจักษ์สำหรับ epistasis แบบผสมผสาน

อาสาสมัคร ปฏิสัมพันธ์ทางพันธุกรรม ความแปรปรวนทางพันธุกรรม วิธีการทางสถิติ ในบทความทบทวนของเธอ (การตรวจจับการปฏิสัมพันธ์ของยีน - ยีนที่รองรับโรคของมนุษย์ Nature Rev. Genet. 10 , 392–404 (2009)) 1 และที่อื่น ๆ 2 , Cordell แย้งว่าการทดสอบทางสถิติสำหรับการโต้ตอบนั้น จำกัด การใช้ ความรู้สึกทางชีววิทยาของคำ - นั่นคือเมื่อผลกระทบของตัวแปรทางพันธุกรรมโดยเฉพาะจะถูกหลอกลวงโดยตัวแปรที่สถานที่อื่น 3, 4 ('epistasis epistasis' 5 ) สมมติว่ามีปัจจัยทางพ

การรักษากระบวนการ speciation เป็นลักษณะที่ซับซ้อน

การรักษากระบวนการ speciation เป็นลักษณะที่ซับซ้อน

ในช่อง 4 ของการตรวจสอบ 1 นูร์และเฟเดอเรอร์แสดงตัวอย่างของยีนที่เกี่ยวข้องในการสร้างสิ่งกีดขวางการสืบพันธุ์ ผู้เขียนเขียนว่า:“ ... เราอาจประหลาดใจในอนาคตเนื่องจากมีการแมปอุปสรรคมากขึ้นและพิสูจน์ให้เห็นว่าเกี่ยวข้องกับกลไกเช่นไดรฟ์ meiotic หรือความขัดแย้งทางจีโนมในระดับที่สูงกว่าที่ชื่นชมในปัจจุบัน” (หน้า 858) อาร์กิวเมนต์หนึ่งที่เกิดขึ้นจากคำสั่งนี้คือมีเส้นท

การทดสอบการเชื่อมโยงสำหรับตัวแปรที่หายาก: การคัดกรองการกลายพันธุ์ของการควบคุมกรณี

การทดสอบการเชื่อมโยงสำหรับตัวแปรที่หายาก: การคัดกรองการกลายพันธุ์ของการควบคุมกรณี

อาสาสมัคร พันธุศาสตร์มะเร็ง การทดสอบทางพันธุกรรม การศึกษาความสัมพันธ์ของจีโนมกว้าง พันธุ์ที่หายาก สองรีวิวล่าสุดหนึ่งใน รีวิวธรรมชาติพันธุศาสตร์ จาก Bansal และคณะ (กลยุทธ์การวิเคราะห์ทางสถิติสำหรับการศึกษาความสัมพันธ์ที่เกี่ยวข้องกับตัวแปรที่หายาก Nature Rev. Genet. 11 , 773–785 (2010)) 1 และที่อื่น ๆ 2 , ตรวจสอบพื้นที่ที่เกิดขึ้นใหม่ของการศึกษาความสัมพันธ์ของตัวแปรที่หายาก ความคิดเห็นเหล่านี้อธิบายความก้าวหน้าจากการศึกษาความสัมพันธ์สำหรับ SNP ทั่วไปที่มีต่อสิ่งเหล่านี้สำหรับตัวแปรที่หายาก เราต้องการเพิ่มการอภิปรายเหล่านี้เป็นกลยุทธ์ที่มีการใช้งานโดยหลายกลุ่มสำหรับการศึกษากรณีศึกษาที่แตกต่างกัน

ตอบ: ค่าของการวิเคราะห์จีโนไทป์ - ฟีโนไทป์ตามฟีโนไทป์และการเปลี่ยนแปลงข้อมูลในเภสัชจลนศาสตร์และ -genomics

ตอบ: ค่าของการวิเคราะห์จีโนไทป์ - ฟีโนไทป์ตามฟีโนไทป์และการเปลี่ยนแปลงข้อมูลในเภสัชจลนศาสตร์และ -genomics

ฉันยินดีรับฟังความคิดเห็นของ Vormfelde และBrockmöllerซึ่งฉันไม่เห็นว่าขัดแย้งกับฉันอย่างสิ้นเชิง แต่จะไปไกลกว่าที่ฉันมีพื้นที่ให้ทำในบทความเกริ่นนำของฉัน อย่างไรก็ตามฉันอยากจะหยิบยกข้อแม้หลายข้อขึ้นมา การวิเคราะห์ Haplotype สามารถสื่อความได้เปรียบเหนือการวิเคราะห์ SNP ครั้งละหนึ่งโดยเฉพาะอย่างยิ่งเมื่อฉันสังเกตเห็นในหน้า 787 ของการทบทวนของฉันที่ 1 มีตัวแปรการทำงานที่เชื่อมโยงอย่างแน่นหนาซึ่งทำหน้าที่เป็น cis อย่างไรก็ตามการได้รับพลังงานที่อาจเกิดขึ้นนี้จะถูกชดเชยในระดับหนึ่งโดยค่าใช้จ่ายในการคำนวณเพิ่มเติมและความยากลำบากที่เพิ่มขึ้นในการจัดการอย่างเหมาะสมกับการทดสอบหลายครั้ง มีการวิเคราะห์บนพื้